En 1542, la guerre renouvelée entre Charles Quint et François Ier força les habitants de Saint-Michel et des villages alentour à abandonner le pays. L'abbaye et le bourg furent alors pillés et incendiés à tel point qu'il ne resta plus qu'une seule maison. Puis, dès 1587, tout le diocèse prit le parti de la Ligue contre les calvinistes et les guerres civiles firent encore un peu plus de tort à la contrée. Grâce à Jean-Baptiste de Mornat, l'abbaye put enfin renaître de ses cendres à partir de 1598. Exceptés quelques bois, elle était alors réduite à très peu, à cause des subventions, de l'injure des guerres et de la mauvaise gestion des abbés commendataires qui, comme Robert de Coucy, avaient dissipé les fonds et aliéné les plus beaux biens. Faisant de Saint-Michel sa résidence, le nouvel abbé racheta les baux emphytéotiques et fit de nouvelles acquisitions. Il remit le monastère à neuf, réparant le cloître, les lieux réguliers et l'église. Il posa la première pierre du château dit plus tard de Sailly et fit édifier une église paroissiale sous l'invocation de saint Martin pour que les moines ne soient plus distraits par l'affluence du peuple. La misère de la population demeurait cependant intacte, lui faisant subir les plus terribles épidémies et vivre dans la crainte constante du pillage des demeures construites sans goût, dans la mesure où elles allaient probablement être détruites au bout de quelques mois. Il fallut attendre le début du XVIIIe siècle pour que, le calme revenu, l'industrie du fil et la facilité d'établissement à Saint-Michel attirent de nouveaux habitants. La famille Blondeau s'enrichit en joignant l'industrie de la brasserie à la culture : elle livrait en Champagne les produits des forges et des verreries et ramenait des orges. Jacques Santerre, lui, fit fortune en tant que bourrelier, un des métiers les plus lucratifs à cette époque de culture par le labourage, grâce aux transports des multiples usines de la frontière qui nécessitaient de nombreux chevaux. Au XIXe siècle, M. Savart fait ériger une chapelle près de la gare et fonde la société de secours mutuel. Il rachète la grande filature de coton et les anciens bâtiments de l'abbaye. Il convertira la filature en fabrique de chaussures et fondera l'orphelinat de jeunes filles inauguré en 1866.
